临床上医生常根据患牙的部位，窝洞所在的部位和承受的咬颌力的大小，以及病人健康情况，美观的要求选用不同材料充填窝洞，目前常用的材料有：银汞合金、复合树脂和玻璃离子复合体。

银汞合金是普遍应用的修复材料，已有150多年有历史，其安全性已得到很好的证实，到目前为止，还没有直接的证据表明其对人体健康有不良影响，并且在普通人群中过敏反应的发生率是极低的，银汞合金具有最大的抗压强度、硬度和耐磨性，且性能稳定，常用于后牙窝洞的充填以承担较大的咬力。但由于其颜色为灰黑色，出于美观的考虑，近来也越来越多的被树脂材料所代替。

复合树脂主要由树脂基质和无机填料组成。它有较大的抗张强度且固化过程中膨胀，收缩和变形也较少，其最突出的优点是美观，可提供与邻牙最佳的颜色匹配。过去复合树脂比银汞合金软，主要应用于前牙的窝洞充填，然而，近来出现的复合树脂的机械性能和抗磨损能力大大增高，也广泛应用于后牙和大面积窝洞的充填。

玻璃离子复合体也是目前牙科常用的一种充填材料，其最大的优点在于对牙髓刺激性小，可以释放氟离子有利于再矿化并且抑制细菌聚集，因此常用于活髓牙咬颌面窝洞的充填，但由于它较脆，不具有大面积填材料所需且有的性能，因此它不能应用于牙齿受力较大部位的充填。