鳃隐鞭虫（C.branchialis）隐鞭虫的一种。虫体形状似一柳叶，有两鞭毛，一根向前称为前鞭毛，一根向后称后鞭毛，后鞭毛与体表成一波动膜。伸出体外像一条尾巴。活动时，前鞭毛和波动膜不断地摆动。鳃隐鞭虫多寄生在鳃上，它用后鞭毛插入鳃组织内。当大量寄生时，鳃和体表分泌大量粘液，破坏表皮组织，使鱼呼吸困难，窒息死亡。病鱼体表发黑，鳃丝红肿。每年4-10月甚为流行。

由鳃隐鞭虫寄生而引起的鳃病。病鱼鳃部无明显病症，只是表现黏液较多。当鳃隐鞭虫大量侵入鱼鳃时，能破坏鳃丝上皮和产生凝血酶，使鳃小片血管堵塞，黏液增多，体色变黑，鱼体消瘦，以致死亡。如在显微镜检查鳃小片的视野里发现几十个以上虫体，可诊断为此病。