澜沧江短须鱼芒中华刀鲶叉尾鲶国家级水产种质资源保护区总面积2000公顷，其中核心区面积694公顷，实验面积1306公顷。核心区特别保护期为2月1日-5月31日。保护区位于云南省澜沧县境内的澜沧江流域，包括两部分：一是黑河段，从思澜公路谦迈桥至澜沧江交汇处，长40公里，面积440公顷，沿途包括：思澜公路谦迈桥-南岭桥-热水塘-新城桥-澜沧江交汇处；二是澜沧江段，从澜沧江上游勐撒到思澜公路86公里处，澜沧江段长58公里，面积1560公顷，沿途包括：澜沧江上游勐撒-腊撒-石戴冒-黑河入澜沧江交汇处-思澜公路虎跳石大桥-思澜公路86公里处（大中河交汇处或澜沧江新大桥）。保护区范围在东经100°10′7″-100°30′53″，北纬22°33′59″-22°53′56″之间。核心区位于黑河段新城桥到澜沧江交汇处，黑河长18公里，面积210公顷；澜沧江段从黑河入澜沧江交汇处至思澜公路86公里处（澜沧江新大桥），澜沧江长18公里，面积484公顷，范围在东经100°15′42″-100°30′53″，北纬22°33′47″-22°38′42″之间。实验区位于黑河段思澜公路谦迈桥到新城桥，黑河长22公里，面积230公顷，范围位于东经100°10′7″-100°15′42″，北纬22°36′32″-22°38′42″之间；澜沧江段从澜沧江上游勐撒到黑河入澜沧江交汇处，澜沧江长40公里，面积1076公顷，范围在东经100°18′14″-100°22′21″，北纬22°53′56″-22°40′49″之间。主要保护对象为短须鱼芒、中华刀鲶、叉尾鲶，其他保护物种包括国家一级保护动物鼋、国家二级保护动物山瑞鳖、小爪水獭、红瘰蝾螈等；鱼类有双孔鱼、红鳍鱼、大鳍鱼、中国结鱼、长丝鱼芒、爪哇鲃鲤、红鳍方口鲃、爪哇四须鲃等澜沧江特有的水生野生动物。