南矶湿地保护区于1995年建立，由南昌市野生动植物保护管理站代为行使管理权。

1997保护区经江西省人民政府批建为省级自然保护区－－江西南矶山省级自然保护区，管理权隶属南昌市。

2003年－2005年，开展保护区综合科学考察并于2006年出版了《江西南矶山湿地自然保护区综合科学考察》，为下一步申报国家级奠定基础。

经5年科考和3年申报，南矶湿地保护区于2008年1月由国务院批准为国家级自然保护区。南昌市设立国家级自然保护区管理局筹建办。

2009年9月30日，南昌市编委会批准成立“江西鄱阳湖南矶湿地国家级自然保护区管理局”，副县级建制，隶属于南昌市林业局。

n 管理局设3科3站：“综合科”、“宣教及保护科”、“疫源疫病监测科” 管理局下辖3个站：南山管理站、矶山管理站、恒湖管理站。

第一期工程建设项目管理局在市区的办公用房，界桩界碑，保护工程，等等。