呼伦湖红鳍鲌国家级水产种质资源保护区总面积为23万公顷，其中核心区面积4万公顷，实验区面积19万公顷。核心区特别保护期为每年的5月1日至7月31日。保护区位于内蒙古自治区呼伦贝尔草原西部新巴尔虎左旗、新巴尔虎右旗和满洲里市之间，呈不规则斜长方形，长轴为西南至东北方向，地理坐标在东经117°00´10"-117°41´40"，北纬48°30´40"-49°20´40"之间。保护区北以满洲里市扎赉诺尔区小河口为起点，向西南延伸至新巴尔虎右旗呼伦苏木，向东北至新巴尔虎左旗甘株尔花苏木。核心区位于呼伦湖中段水域，是由4个拐点顺次连线与西边湖岸线所围的水域，途经大平甸子（117°30´01"E，49°14´20"N）， 向东南方向至湖中10公里处（117°34´42"E，49°10´27"N），五号东尖子 （117°18´32"E，49°01´09"N），向东南方向至湖中10公里处（117°24´15"E，48°57´46"N）。保护区内除核心区以外的水域为实验区。主要保护对象为红鳍鲌，其它保护物种包括鲤、鲫、蒙古红鲌、油餐鲦、鲶、狗鱼、雅罗鱼等。