合肥工业大学档案馆成立于1989年，为校直属机构，正处级建制。,现有面积近1000平方米，其中库房730平方米；库房、办公室、阅文室实行三分开，从办公室到库房有室内专用楼梯。配备了档案办公现代化的相关设备，主要有：计算机17台、扫描仪4台、刻录机3台、空调8台、复印机2台、去湿机6台，另外还配备了彩电、VCD、照相机、录像机等设备。档案馆网页于2000年在校园网上开通，并同时建成馆内局域网。

合肥工业大学档案馆现下设业务指导科、管理利用科、馆办公室3个职能科室，另设财会档案分室。全馆现有职工14人，其中具有副高职称5人，中级职称3人，初级职称1人。在职人员全部具有大专以上学历。1996年6月，经原机械工业部考评，合肥工业大学档案馆晋升为“科技事业单位档案目标管理国家二级先进单位”。2002年和2007年两次被安徽省档案局评为“九五”和“十五”期间全省档案工作优秀集体。

合肥工业大学档案馆既是学校档案工作的职能管理部门，又是永久保存和提供利用合肥工业大学档案的科学文化机构，集中保管着学校所有档案。现保存有合肥工业大学（1946年至今）、安徽工学院（1954年~1997年）、安徽水利电力学院（1952年~1970年）3个全宗。截至2006年底，馆藏案卷43364卷（册）、单件25150件，照片两万余张，共分为党群、行政、外事、教学、科研、基建、仪器设备、财会、出版物、产业、声像与实物等12大类。馆藏档案真实地记录了合肥工业大学从建立到发展、壮大的六十多年的历程，从一个局部反映了在中国共产党的领导下，中国社会主义高等教育事业的从无到有、从小到大，为社会主义现代化建设不断培养、输送大量建设人才和服务经济建设、投身科学研究的发展成就。其中，有许多档案是十分宝贵的，如：反映合肥工业大学的建立、发展、壮大历程的材料；反映学校60余年的发展过程中一直得到党中央、国务院、老一辈无产阶级革命家和中共安徽省委、省政府的关心、支持的材料（1954年中共安徽省委、省政府决定“淮南煤矿工业专科学校”迁址到省会合肥扩建为合肥矿业学院、1958年9月16日中共中央批复同意成立合肥工业大学、1960年10月22日中共中央决定增加合肥工业大学为全国重点大学、1958年～1961年刘少奇、朱德、邓小平、董必武、陈毅等党和国家领导人来校视察工作等）。尤为珍贵的是时任中共中央副主席的邓小平同志在1979年视察黄山期间为合肥工业大学题写的校名手迹；1995年，中共中央总书记、国家主席江泽民，国务院总理李鹏、副总理李岚清等为合肥工业大学五十周年校庆的题词手迹等。此外，还有近20年来学校获得的国家级、省（部）级科技奖励的金、银、铜牌以及各种成果证书等。

在档案的收集、整理、提供利用过程中，合肥工业大学档案馆形成了大量的检索工具和编研成果，其中，案卷目录92册、全引目录52册、专题目录55册、卡片41710余张、机读目录20余万条，独自或参与编撰了《合肥工业大学校史》、《合肥工业大学年鉴》、《合肥工业大学大事记》、《安徽工学院全宗指南》等编研资料30余种。多年来，合肥工业大学档案馆认真宣传和贯彻实施《中华人民共和国档案法》，加强档案的监督、指导、收集、管理和提供利用工作，推动全校教职员工的档案意识和依法治档意识不断增强，档案的归档率、完整率、合格率大幅度提高，档案信息资源的开发利用也取得了良好的社会效益。尤其是学校在开展举办校庆展览、编写校史、本科教学工作水平评估、专业课程评估等重大活动和重要工作中，更是特别注重利用馆藏各类档案。

合肥工业大学档案馆始终坚持以档案的利用工作为根本目的，与时俱进，不断探索档案信息资源的开发和提供利用服务的新途径，逐渐形成了自己的特色：（1）1999年开始，由档案馆负责统一为申请出国的合肥工业大学各届校友和在校各类学生办理学习成绩和学历、学位证明件（用统一的、规范的格式，盖档案馆公章对外），已为近5000名学生出具了数万套学籍档案复制件，在广大校友和海内外相关部门中赢得了良好的声誉；（2）2001年，本着为学校存史、资政、育人和扩大交流的目的，档案馆主动向学校请缨，负责编辑《合肥工业大学年鉴》，在内部发行2000年卷和2001年卷后，于2003年开始由合肥工业大学出版社公开出版发行。此举不仅扩大了档案馆的工作范畴，锻炼了档案干部队伍，而且大大提高了档案馆在校内外的影响力和知名度。（3）2002年，档案馆联合校内相关研究所，研制开发了“合肥工业大学档案管理信息系统（网络版）”，并于2003年开始运用该系统进行各类档案信息的著录和管理，并推进档案整理工作的改革，切实贯彻执行《归档文件整理规则》，逐步实现档案工作从手工操作过渡到计算机管理。（4）为了配合学校创建一流本科教学、迎接教育部本科教学工作水平评估，2004年，档案馆又勇于承担重任，担负起“本科教学档案馆”的建设和管理工作。经过两年多的艰苦努力，完成了学校2003～2006年度本科在校生3万余册的考试试卷、2004～2006届本科毕业生13000余份毕业设计（论文）的收集、保管和提供利用工作，使其成为学校本科教学管理中的一个重要环节，成为学校本科教学工作水平评估中的一个“亮点工程”，得到了教育部评估专家和兄弟院校的高度评价，为学校本科教学工作水平评估取得优秀成绩作出了积极的贡献。