福建省眼科研究所于1993年经福建省科委批准成立，挂靠福建医科大学附属第一医院。徐国兴教授任所长。该所技术力量雄厚，结构合理，下设三个研究室：儿童斜视弱视研究室、临床眼科研究室、基础眼科研究室。现有教授、主任医师7人，副教授、副主任医师8人，眼科学博士4人、硕士生18人。

近年来，福建省眼科研究所在国内外医学刊物公开发表论文300多篇，出版眼科专著3部，主编和参编国家“十五”和“十一五”规划教材3部。同时，承担了国家科技部，人事部4项科研课题；省科委、省教委、省卫生厅11项科研课题；获省政府科技进步奖4项，福建医科大学优秀教学成果奖1项。

福建省眼科研究所现有病床58张。购置了瑞士leica手术显微镜、Alcon玻璃体切割机、Storz超声乳化仪、美国博士伦Millennium显微手术系统、德国蔡司氩离子激光治疗机、Keeler多功能co2冷冻器；德国ROLAND多焦多功能电生理仪、CanonCF-60Uvi脉络膜荧光造影机、S0NO-OCT；进口高级裂隙灯角膜显微镜、加拿大OTI三维眼科A\\B超、活体超声生物显微镜、角膜测厚仪、角胞膜内皮细计数仪、间接眼底镜、非接触性眼压计；美国博士伦最新型准分子激光原位角膜磨镶机、英国2001型同视机、日本佳能及托普康电脑验光机、镜片测度仪、角膜曲率计；泪道激光机、德国蔡司第二代YAG激光治疗机、OCTOPUS全自动电脑视野计等一整套眼科先进的诊疗设施。病区内设有功能齐全的眼科手术室，配有主管护师2人、手术台四张、手术显微镜四台。每年完成各种眼科手术2300多台，能开展复杂视网膜脱离、玻璃体切割、白内障超声乳化人工晶体植入、角膜移植、垂直肌、斜肌麻痹性斜视、眼球震颤矫正术、泪道重建、后极部异物及非磁性眼内异物取出术、眼成形术及眼眶肿瘤摘除等高难度手术。挂靠该院的福建省儿童弱视斜视防治中心现已发展成为全国规模最大的儿童弱视斜视防治中心之一，已诊治来自全国20多个省市及港、澳、台、印尼、新加坡、美国、日本的弱视儿童几十万人，寒暑假期间日诊疗量达500-600人，有效率97%，治愈率达80%，居全国先进水平。

福建省眼科研究所具有雄厚的临床和基础科研能力。近年来承担的《糖性白内障的免疫组化和超微结构研究》、《坐骨神经移植对大鼠视神经再生影响的实验研究》、《囊膜上与挖碗式超声乳化白内障人工晶体植入术临床研究》、《弱视斜视发病机理系列研究》、《翼状胬肉超微结构及其临床系列研究》等研究课题获省政府科技进步三等奖。

福建省医学会眼科学分会挂靠福建省眼科研究所，徐国兴教授任主任委员。福建省眼科研究所系国家眼科临床药理研究基地，“视觉第一 中国行动”福建省培训基地，福建省科委优先发展学科，福建医大眼科学硕士及博士研究生培养点，每年还承担国家级眼科新进展学习班、福建省验光配镜学习班、福建省眼科新进展学习班及福建省高年眼科住院医师进修班等省卫生厅继续医学教育任务及国家级眼科继续医学教育办班任务，为我国培养了大批眼科学人才，为全省130多所省、地、市、县医院及妇幼保健院、防疫站培训了眼科专业技术人才，为提高人民的健康水平作贡献。