2003 年 4 月 28 日，随着 iTunes店的开通，苹果宣布发布第三代 iPod，这是iPod家族成员中变化最大的一代，完全采用了触摸式操作。最初的iPod只兼容于运行于MacOS9或MacOSX的Macintosh电脑，但从2002年7月17日开始，苹果电脑开始销售兼容Windows的iPod3，内置硬盘格式化为FAT32以取代Mac专用的HFS+。苹果电脑在2003年10月16日推出Windows版的iTunes；此前，Windows用户需要第三方的软件，如MusicmatchJukebox（推出Windows版iTunes前，包含在Windows版iPod中）、ephPod或XPlay以管理他们在iPod上的音乐。