由于PCR过程中引物延伸是3'端开始的，所以3'末端的碱基对引物的延伸来说处于至关重要的位置。如果这个碱基与模板互补，则引物能从不间断延伸，PCR可以正常进行，得到特定长度扩增带。反之，亦然。所以只要将突变与正常等位基因所不同的那个碱基安排在3'最末端，当用某一含突变序列的引物进行PCR时，如果得到特异扩增带，表明被测基因含有该种突变。没有特异扩增带出现，则表示没有这种突变。ASA也可以将多个引物在一个反应体系中同时进行（多重ASA），其产物通过CE检测，就可以完成多个点突变的检测。