舫山书院创建于清乾隆十一年(1746年)，由监生林芳德捐资500缗，建于马巷通利庙(俗称大宫)后，楼上楼下各3间。同治六年(1867年)，马巷厅通判鲍复康带头捐银300两，地方人士纷纷献地出钱，在原书院之东约百步处另建一座规模宏大的书院，历时两年半竣工。书院主体建筑共四进，最后一进为二层楼房(今尚存)，两旁还有学舍14间及厨房、浴室等。四周有一人多高的围墙，外有夹道，内有庭园。清末，舫山书院发展很快。光绪元年(1875年)，通判洪麟绶称该书院“扃试生童数百辈”，而“每届秋试领乡荐者并不乏其人”。光绪三十一年，舫山书院改为舫山高初两等小学堂。后几经更名，今为同安马巷中心小学。