清顺治七年(1650年)设福宁协，配副将1员驻守福宁，辖协标2个营。顺治十五年(1658年)，设总镇福建右路左都督，驻扎福宁，称福宁总镇，驻福宁府治城东(今霞浦县城东街)，配水陆总兵1员。辖福(宁)、兴(化)、漳(州)、泉(州)并兼管浙江温州一府的绿营兵。康熙九年(1670年)福宁镇总兵辖镇协5营。雍正十二年(1734年)辖6营。同治十三年(1874年)辖8营，光绪十年(1884年)辖10营，光绪十一年(1885年)，还兼辖闽安(现属闽侯县)、海坛(现属平泽县)两协及长门炮台勇营等。