重庆市万州区疾病预防控制中心前身为四川省万县地区卫生防疫站，始建于1952年。历经更名为四川省万县市卫生防疫站、重庆市万州移民开发区卫生防疫站、重庆市万州区卫生防疫站。2002年体制改革撤销卫生防疫机构，建立重庆市万州区疾病预防控制中心。同时重庆市救灾防病应急处理中心万州分中心、重庆市中毒控制中心万州分中心、重庆市万州区健康教育所、重庆三峡卫生检验检测中心也建立在我中心。万州区疾病预防控制中心是一所集疾病预防控制、公共卫生技术服务、卫生监测技术服务、卫生检测检验服务、医疗专科服务、健康教育相关科学研究的区级疾病预防控制机构。

中心现地处重庆市万州区新城路，紧靠万州区商业中心，新址建设在五桥百安坝，占地总面积35亩。业务用房13000余平方米。现有职工170名，专业技术人员124名，其中副高18名，中级52名。中心设有疾病控制科、计划免疫科、结核病防治院、学校卫生科、职业卫生科、食品／公共场所／化妆品／放射卫生科、饮用水／消毒卫生科、理化检验科、微生物检验科、血清生化检验科、质量管理科、慢性非传染性疾病防治所、职业病防治所、皮肤病性病防治所、预防接种门诊部、预防医学门诊部。其业务工作区域包括万州区、开县、忠县、云阳县、梁平县、奉节县、巫溪县、巫山县、城口县。服务总人口约850万人。业务工作辐射至湖北省利川、巴东等地区及整个三峡库区。我中心承担辖区急慢性传染病、慢性非传染性疾病的流行病学调查、监测、管理和预防控制；儿童计划免疫和预防用生物制品管理；制定艾滋病预防控制规划并对其高危人群进行初筛检测；寄生虫病、地方病、病媒生物疾病防治和研究；提供消毒、杀虫、灭鼠等相关技术服务；对食品卫生、化妆品卫生、公共场所卫生、职业卫生、放射卫生、饮用水卫生、学校卫生等进行卫生学监测和提供技术服务,对其从业人员和学生开展健康体检和卫生知识培训；开展卫生防病检测检验、健康相关产品的技术审核和卫生质量检验、鉴定；对新建、改建、扩建建设项目的选址、设计和验收进行卫生学评价；开展健康咨询、健康教育、健康促进活动；开展结核病、职业病、皮肤病性病等疾病的防治；承担原三区八县的救灾防病应急处理和中毒控制工作任务；承担国家卫生部三峡库区疾病监测课题和三峡库区人群健康保护与生活饮用水监测课题的监测工作、三峡库底卫生清理工作；系重庆市重点建设的区级疾病预防控制机构及渝东片区疾病预防控制的业务指导和管理中心。

万州区疾病预防控制中心坚持“团结、进取、务实、发展”的方针，拥有一支政治思想和业务素质良好的专业技术队伍，经全体职工勤奋工作，业绩突出，多次受到上级党委、政府的表彰。近10年来，荣获部、省（市）、区级先进集体奖28项，单项工作奖55项，省级科研成果奖8项，引进推广新技术、新项目、新方法39项，公开发表学术论文62篇。