蛋白质复合体（英语：Protein complex）是有两个以上功能相关的多肽链通过二硫键或其它蛋白质相互作用所形成的复合物。蛋白质复合体的种类繁多，许多种的性质与功能都还不为人所知，而成为蛋白质组研究的重要的研究对象。一般蛋白质复合体可区分为结构型的蛋白质复合体和功能型蛋白质复合体两大类。