中山大学东南亚研究所是解放后国内成立最早的东南亚及华侨华人问题专门研究机构之一，其前身为1959年成立的中山大学东南亚历史研究室。1978年扩建为东南亚研究所，并经国家教委批准设立世界地区史、国别史硕士点，成为本学科方向最早的研究生培养单位之一。本所是目前中山大学唯一专门从事国际问题研究的独立科研机构，中山大学社会与人文科学重点研究所之一。

在研究室、所初创和前期发展过程中，国内东南亚研究著名学术权威陈序经、朱杰勤、金应熙、何肇发等一批老专家曾在本研究机构工作并发挥了重要作用。他们的指导和直接领导为本所科研队伍的组建和科研、教学工作的发展打下了坚实的基础。

目前本所拥有一支学科齐全、梯队完整、素质较高、科研与教学相结合的研究队伍。全所现有15名科研人员中，教授4人、副教授5人、讲师6人。中青年科研人员中具有博士学位者5人、在职攻读博士4人、其他均具有硕士学位。

现任所长为袁丁教授

本所现有四个重点研究领域：东南亚各国史及中国与东南亚关系；当代东南亚政治与国际关系；东南亚经济与文化；东南亚华侨华人。

80年代以来，研究所科研人员先后承担了国家社科基金项目4项、国家教育部社科规划项目5项和一批省市科研项目。其中已完成的国家、部委级项目"中国古籍有关东南亚各国资料汇编"（系列）、"菲律宾史"、"东南亚华侨华人史"、"近代中国与东南亚关系研究"、 "东盟组织内外关系研究"反映了本所在东南亚历史、华侨华人问题和地区国际关系领域的科研实力和优势。

70年代以来，本所科研人员先后完成和出版了专著、译著、工具书40部；完成并已为出版社接收的书稿6部，其中专著《东南亚近代史》、《菲律宾史》、《泰国史》、《近代中国与东南亚关系史》、《中缅关系史》、《二战后东南亚华侨华人史》、《现代东南亚政治与外交》，译著（英）霍尔《东南亚史》和编著《中国古籍有关菲律宾资料汇编》等均为国内学术界具有开拓性的优秀成果，并且受到国外同行的普遍关注和肯定。

本所还先后编辑出版了《东南亚问题》、《东南亚历史论丛》、《东南亚历史译丛》、《东南亚学刊》等学术刊物和有关东南亚和华侨华人问题的论文集，以其较高的学术质量与参考价值获得国内外学者及有关部门的好评。现出版定期刊物为《亚太研究》。

本所长期担负研究生培养任务，教学工作促进了科研水平的提高。早在60年代，中山大学历史系就已开始招收东南亚历史方向的研究生。1978年本所设立世界地区史、国别史硕士点以来，已招收硕士研究生（包括港澳台地区研究生和国外留学生）逾50人。1998年获得世界史专业博士学位授予权，开始招收博士研究生。2002年起招收国际关系专业硕士研究生。

目前本所已积累了丰富的教学工作经验，课程设置完整，涉及面广。主要学位课和选修课包括：东南亚古代史、东南亚近代史、东南亚现代史、中国与东南亚关系史、华侨华人问题研究、当代东南亚国际关系、东南亚经济、东南亚政治、东南亚宗教与文化、有关东南亚中外名著评介等。

本所曾主办一系列国际与国内学术活动。1985年主办国内第一次华侨华人历史国际研讨会，1989年主办2000年前后中国与东南亚关系展望研讨会，1994年主办面向21世纪的区域合作：中国与东南亚国际研讨会。

本所占有图书资料丰富，现有图书12000册以上，其中外文（包括东南亚国家语种）图书约占50%，中外文期刊约350种，中外文报纸约50种，大部分东南亚国家的报纸本所均有订阅。此外还有一批会议文献和微缩胶卷。除自行订购外，国外机构和个人也向本所赠送了大量珍贵图书资料。图书资料室配置了计算机及有关辅助设备，并已接通国际互联网络。

与本所保持较密切交流关系的高校和学术机构包括：美国华人历史学会、澳大利亚格里菲斯大学、新加坡国立大学、新加坡东南亚研究院、新加坡东亚研究所、新加坡南洋学会、泰国朱拉隆功大学亚洲研究所、泰国法政大学东亚研究所、泰国华侨崇圣大学、菲律宾大学亚洲研究中心、菲律宾德拉萨大学、菲中发展资源中心、越南国家社会与人文科研中心东南亚研究所和中国研究所、河内国家大学、胡志明市综合大学、仰光大学、香港大学亚洲研究中心、香港亚太二十一学会等。