中国人民大学台港澳研究中心正式成立于1993年，是一个以中国人民大学马克思主义学院中共党史系相关研究人员为主体和依托的、在全校范围内统筹、协调和组织关于台港澳问题之教学、研究和学术交流的非实体性学术机构。中国人民大学台港澳研究中心创办人和首任主任（1993—2008），是中国国民党史和中华民国史研究专家张同新教授，目前中心主任为港澳问题研究专家齐鹏飞教授。中心根据课题研究的需要，现聘请有中国人民大学校内外专职研究员近10位，聘请有中央涉港澳台事务主管部门如中央统战部（三局）、国务院台湾事务办公室、国务院港澳事务办公室等机构的部分政策研究人员、两岸四地学术机构台港澳问题研究领域的著名学者近30人，为特约或客座研究员，从事专题或合作研究工作。

中心的课题研究领域，目前涉及“一国两制”的理论与实践、中美关系中的台湾问题、中英关系中的香港问题、中葡关系中的澳门问题、中央与特区关系、两岸关系、台港澳地区的历史和政治、经济、文化及社会发展等各个方面。

中心成立之初，主持了全国普通高等院校中第一个本科“台港澳事务”专业方向和研究生“‘一国两制’与港澳台问题”研究方向的筹备和教学方案的设计、课程建设等工作。目前，正在主持中国人民大学中共党史系中共党史专业、当代中国史专业硕士研究生、博士研究生涉港澳台问题研究方向的课程建设和研究生的培养工作。

逾十年来，中心在两岸四地单独或合作举办了三十余次规模不等的专题学术讨论会，主持完成了国家、教育部、北京市的人文社会科学基金研究课题如《祖国统一的历史道路》、《邓小平关于香港回归的理论与实践研究》、《中国共产党关于实现和维护新中国国家统一和国土安全的理论与实践之研究》等近10项，出版了学术研究著作如《“一国两制”与海峡两岸关系》、《中华民国史》、《中国国民党史》、《日出日落——香港问题一百五十六年（1841-1997）》、《澳门的失落与回归》、《邓小平与香港回归》、《统一与整合——新时期解决港澳台问题的理论与实践》等近20部，在两岸四地公开发表了学术论文近200篇，并向中央涉港澳台事务的决策和政策研究部门提交了几十篇调研、形势分析和政策论证的内部报告。参加了中央电视台、新华社、《人民日报》等媒体关于香港回归和新香港“一国两制”建设、澳门回归和新澳门“一国两制”建设、两岸关系和平发展等国家和平统一历史进程的宣传和报道工作。中心的学术带头人、负责人齐鹏飞教授，在1997年、1999年，接受邀请担任中央电视台国际频道（CCTV—4）香港“移交大典”、澳门“移交大典”现场直播特别节目的学术顾问和嘉宾主持人，1998年、2000年、2002年、2004年、2007年，接受邀请担任中国中央电视台国际频道（CCTV—4）或新闻频道香港回归一周年庆典、澳门回归一周年庆典、香港回归五周年、澳门回归五周年庆典、香港回归十周年庆典“现场直播特别节目”的学术顾问和特邀嘉宾主持人。在海内外产生了一定的学术影响和社会影响。

目前，中心办公室设在中国人民大学马克思主义学院中共党史系。