中德海洋科学中心成立于2011年2月24日，由中国教育部和德国联邦教育与研究部共同支持的中德海洋科学中心(Center for Sino-German Cooperation in Marine Sciences)揭牌仪式在中国海洋大学隆重举行。
中德海洋科学中心是由中国海洋大学和德国的不莱梅大学、基尔大学、莱布尼茨海洋科学研究所以及莱布尼茨热带生态中心等5家科研教育机构联合成立的、获得两国政府支持的在海洋科学领域进行的高层次科教合作平台。中德海洋科学中心的宗旨是协调并促进中德双方海洋科学领域相关科研学术机构与企业组织间的合作与联络活动，尤其将促进中德双方在海洋科学高等教育与研究领域的合作。
中德海洋科学中心的前身可追溯到2004年开始的中德海洋科学高层次人才联合培养项目（Sino-German Initiative on Marine Sciences: High Education）。该项目是由中国教育部和德国联邦教育研究部在海洋科学领域开展的高层次人才联合培养和科研合作的政府项目，由中国海洋大学与德国的不莱梅大学、基尔大学、莱布尼茨热带海洋生态研究中心及莱布尼茨海洋研究所联合承办。