孝南区原名孝感县，1983年10月更名为孝感市，1993年4月经国务院批准撤销原孝感市、原孝感地区改为省辖孝感市。原孝感市北部辖区划为孝昌县，南部辖区划为孝南区。

1952年12月成立孝感县人民检察署，由公安局长兼任检察长。1954年12月更名为孝感县人民检察院，任命曹永兴为检察长。设立秘书和刑侦监督、侦查监督、审判监督、一般监督、监所监督、劳改监督六个组。1957年机构调整为秘书组、三监组、刑侦组。1962年精简机构，只留八人，实行统一办公。1964年9月孝感县开始“四清”运动，业务工作基本停顿。“文化大革命”开始，1967年9月军代表进驻政法机关。1968年6月实行军事管制，检察业务并入公安局预审股，留二名干部办公，其余人员参加“学习班”，检察院自此撤销。

1978年12月恢复孝感县人民检察院，任命张登杰为检察长。1979年元月开始办公，开设秘书、刑事检察股、法纪检察股；同年12月改设办公室、审查批捕科、审查起诉科、法纪检察科、经济检察科、监所检察科。1979年8月成立党委会，1980年成立检察委员会，1982年12月撤消党委成立党组，1983年6月增设政工科，同年更名为孝感市人民检察院。

1993年6月更名为孝南区人民检察院，设有办公室、政工科、审查批捕科、审查起诉科、经济检察科、法纪检察科、监所检察科、控告申诉检察科、刑事技术检察科、民事行政检察科和反贪污贿赂工作局，设有税务检察室、财政检察室、粮食检察室、供销检察室和肖港、杨店、三汊、毛陈、卧龙等五个乡镇检察处。

1997年11月机构改革。设有：办公室、政治处、反贪污贿赂局（内设综合科、侦查一科、侦查二科、侦查三科）、审查批捕科、审查起诉科、法纪检察科、监所检察科、民事行政检察科、控告申诉检察科、检察技术科、法警大队和肖港、杨店、三汊、毛陈检察处。按上级规定设置纪检、监察科。

2002年12月机构改革。设有：办公室、政治处、反贪污贿赂局（内设综合科、侦查一科、侦查二科、侦查三科）、侦查监督科、公诉科、渎职侵权侦查局（内设一科、二科）、监所检察科、民事行政检察科、控告申诉检察科、检察技术科、司法警察大队和肖港检察处、毛陈检察处。按上级规定设置纪检、监察科。2005年7月，渎职侵权侦查局更名为反渎职侵权局。2007年10月，设职务犯罪预防科