菌核病是细辛的主要病害，病原菌为细辛核盘菌。传播途径主要是苗传、土传和杂草传染，不能靠空气传染。侵染蔓延迅速，是一种全株腐烂型的真菌病害，严重时可使细辛大面积烂死，仅剩根皮。预防技术如下：

1、防止病害从其它产区传入，建立无病留种田，选砂质壤土及排水良好地块栽培。下种前用酌量多菌灵加新高脂膜进行浸种处理。

2、加强田间管理，注意田间卫生，发现病株及时将病株拔除，最好连土一起清除，病穴要用生石灰消毒，并喷施新高脂膜隔离病害。生长期适当增加光照，施用腐熟肥料，合理灌水，雨后及时排水防涝。当花蕾从地面抽出时全部摘除，并喷施药材根大灵，促使叶面光合作用产物（营养）向根系输送，提高营养转换率和松土能力，使根茎快速膨大，药用含量大大提高。