站址在拉萨市林廓北路。１９６１年成立，原名西藏自治区卫生防疫站，２００３年改现名。中心内设传染病预防控制所、结核病防治研究所、性病与艾滋病防治所、健康教育所、公共卫生监测所、卫生检验所、地方病防治所、科研培训科、计划财务科、办公室、政工人事科１１个科室，有职工２００多人。疾病预防控制中心成为西藏卫生防疫防病技术指导和人员培训的中心，与全区已建立的７所地（市）级卫生防疫站、７３所县级卫生防疫站共同构成全区的卫生防疫网络。中心主要开展大规模的卫生防疫防病工作，消灭天花，控制鼠疫、麻风病，实现以区、县、乡为单位的儿童计划免疫接种率８５％的目标，有效控制计划免疫针对的传染病的发病率。建立省级监测点５个，地市级监测点２个，县级监测点７１个，形成了以自治区疾病预防控制中心为中心的ＡＦＰ监测网络，改变了在全国ＡＦＰ数据库内无数据的状况。