991年8月成立，1993年11月更名为“微山县航运管理处”，1995年10月又改为“微山县航运管理局”。并成立国有企业“南四湖航运有限责任公司”。 20世纪80年代末，微山湖运输船舶不足4000艘，多为吨位小，质量差的水泥船。1990年以后，逐步淘汰水泥船，1998年钢制驳船达到6700艘，140万载重吨，单船承载能力在200吨以上。进入21世纪航运业发展突飞猛进，2005年驳船量达到8000余艘，运力总量达到200万吨，年均货运量550万吨，货运周转量40亿吨公里，占济宁市总航运能力的80%以上，航运经济收入10亿多元。

2001年12月，微山客渡总公司成立并运营，下辖10个乡镇客渡分公司。2005年，该局内设办公室、会统股、运务股、工程股。下属事业单位：山东微山内河船员培训中心、船舶管理所；下属企业：南四湖航运有限责任公司、曹庄港有限责任公司、微山县客渡有限责任公司、南四湖港务有限公司。2010年改为微山港航局。