台北医学院建于1960年，由台湾名医胡水旺及新光企业集团前首脑吴火狮等筹资创办。设有医学、牙医、药学等系，连同夜间部共7个学系，1个研究所。学生3000余人，院址在台北市。该学院学生修业年限，除牙医系及医学系为6—7年外，其余均为4年。附设教学医院一所，毕业生近万人。1999年更名为台北医学大学，医学系成为现在的台北医学大学医学院。

医学院2009年8月之目前共包含三个学系及四个研究所，其成立时间及名称分别为：医学系(1960年)、医学检验暨生物技术学系(1975年)、医务管理学系(1997年)及呼吸治疗学系(2001年)；医学研究所(1990年)、细胞及分子生物研究所(1994年)、医学检验暨生物技术研究所(1998年)、医学资讯研究所(1998年)、医务管理研究所(2000年)、药理学研究所(2002年)及医学人文研究所(2003年)。医学研究所、细胞及分子生物研究所设有博士班，是本校提升医学教育之主力。这些系所负担基础医学、临床医学及应用医学范畴之教学、研究及支援服务之任务。此外，神经科学研究所博士班在2005年成立，以训练更多神经医学之专业人才。为求取学院内资源整合、建立老师间更多研究合作管道、让学生在研究领域上有更多选择机会，乃於2007年将医学研究所基础组，细胞及分子生物研究所、药理学研究所、医学检验暨生物技术研究所硕士班及神经科学研究所整并成为医学科学研究所。目前医学科学研究所总共分成5组，微生物暨免疫组、分子药理组、生物化学暨细胞分子生物组、细胞生理暨神经科学组、医学检验暨生物技术组。2009年8月医务管理学系及研究所转归属於公共卫生暨营养学院。本学院目前总共有近二千位大学部学生，四百二十位研究生，专、兼任教师及临床教员人数六百多人，占整个台北医学大学师资的约三分之二及学生人数的约百分之四十，堪称全校最大的学院。台北医学大学正在快速扩充及更新，本校医学综合大楼之10,018m2供本学院使用，另配合已经完成更新之解剖大楼及实验大楼等，将拥有全新完整的实验及教学空间。本学院亦著重学生人文精神与医学领域的结合。在研究发展上，医学院强调基础与临床研究群的合作、生物技术的创新及开发、医务管理及医学资讯与产业实质的合作，希望透过全院资源最充分有效的利用，提供师生最佳的研究学习环境，以培育医学领域未来的中坚份子。本学院除持续增聘师资以降低生师比及增加教学品质外，医学院也提供教师暑期至国外短期进修的补助，在硬体设施方面逐年更新。在未来工作将朝整合跨院科系之研究主题及结合研究团队，以迈向国际化及追求卓越的目标作努力，为台湾的医学教育提供独特的贡献。