首都高等法院是民国时期南京地区的省级审判机构，1946年4月成立，院址在朝天宫。直属司法行政部，负责首都南京及江宁县的民刑事第二审及日伪汉奸第一审审判业务。

国民政府定都南京后，南京只有首都地方法院，无高等法院这一级机构。抗战胜利后，国民政府还都南京，接收了汪伪时期的司法行政机关。国民政府司法行政部鉴于首都地方法院遇有紧急事情，要向它们请示的话，需由江苏高等法院转呈，难免延误时日，遂于1946年4月1日在南京设立首都高等法院。第一任院长为赵琛。

该院设院长一人、庭长五人、推事四人，内设检察处、刑事庭、民事庭、公诉人辩护室、书记室、文牍科、民事科、刑事科、监狱科、总务处、法医室、通译室、人事室、会计室、统计室。

下属单位有首都地方法院及其看守所。