山西农业大学农学院植物病理学系是在原植物保护系植物病理教研室基础上组建的，成立于1999年。1997年获硕士学位授权点。目前在读的硕士研究生10名。

硕士学位授权点有3个研究方向：植物萎焉性真菌病害的致病机理及综合防治、植物真菌病害及植病生理研究、植物病原菌的抗药性及防治策略。开设的硕士学位课程主要有外国语、高级植物病理学、植物病原真菌学、植物免疫学等。

植物病理学系现有教师11人，其中教授3人，副教授1人，讲师6人，助教2人。兼职导师4名。近十年来，共鉴定科研成果8项，获省级科技成果奖5项，主编或参编专著4部，在国内外学术刊物上发表论文86篇，其中SCI收录6篇。目前在研的省、部级课题10项。

本学科现有博士生导师1名。“作物病害致病机理及综合治理”是作物栽培学与耕作学博士点的一个研究方向，现有博士生3名。

植物病理学系拥有研究生专用研究室3个，专业实验室5个(普病实验室、农病实验室、果菜病实验室、无菌室、标本室)，以及配套的玻璃温室、计算机室、病圃等，建筑面积近800 m2。配备有大量常规教学设备和数台先进的研究仪器，可以满足研究生学习和研究的需要。