祁连山隧道位于青藏铁路兰（州）新（乌鲁木齐）段的青海省门源县内。 采用钻爆法施工，全长9.49公里，由中铁第一勘察设计院集团负责设计。中国铁建二十局集团参建员工在平均海拔3500余米的高原缺氧地带。

新建兰新第二双线祈连山隧道全长9.49km，是兰新二线甘青段的重点控制性工程，为Ⅰ级风险隧道，地质复杂，隧址位于冷龙岭褶皱带，断层节理发育，尤其进口段要穿越F6、F7断层碎屑流地带，是隧道建筑史上没有遇到过的特殊地质条件，没有成功经验可供借鉴；地下水发育，最大涌水量10.5万m3/d，尤其出口段，为强富水段；地处高原，高寒缺氧，气候异常恶劣；隧道长工期紧，建设标准高，按高速铁路标准建设，这些难题制约了隧道的建设，需要进行科技攻关。