南通大学计算机科学与技术学院组建于2004年10月，上承原南通工学院、南通师范学院有关专业，已有二十多年的办学历史。目前设有计算机科学与技术、计算机科学与技术（师范类）、软件工程等三个本科专业和计算机科学与技术、计算机信息管理、电子商务等多个成人学历教育本、专科专业，在校全日制本科生1500多人。学院下设计算机软件、计算机理论、计算机系统、计算机应用、计算机网络五个教研室和计算机基础教学部、实验中心等教学单位。现有专任教师75人，其中正副教授22 人、博士硕士35人。经过多年的教学科研，形成了数据库与信息系统、计算机网络与通信、计算机辅助工程等多个研究方向，近四年来发表学术论文180余篇，出版专著教材10余部，完成省市级科研项目20多项，转让科技成果10多项，为地方经济发展和人才培养做出了积极的贡献，先后被省市有关部门确定为江苏省中小学教师信息技术培训基地、南通市信息化带动工业化培训基地、南通市CAD/CAPP/PDM应用技术服务中心。

近年来学院进一步强化质量意识，坚持规范办学，加强教学基础建设，积极推进教学改革，注重学生能力培养和办学特色的形成。多门课程被评为省级、校级优秀课程，计算机科学与技术专业为南通大学校级重点建设专业。历年来投入近 1000万元教学仪器设备费，建成一批具有较高水平的专业实验室，如计算机组成原理、计算机网络、微机原理、接口与通信、计算机创新实践和计算机软件实验室，总面积达1150平方米，并建有多个校外实习实践基地。

学院积极开展校园文化建设，全面推进素质教育和创新教育，形成了优良的学风，人才培养成果显著。 2002年该院学生获江苏省大学生电脑大赛一等奖一项、二等奖两项；2003年获江苏省电子设计竞赛二等奖一项；2004年获江苏省大学生电脑网络大赛一、二等奖多项、江苏省挑战杯科技创新大赛一等奖一项。历年来该院有不少毕业生考取省内外重点大学研究生，毕业生就业率在95％以上，许多学生进入知名中、外资企业或政府部门工作，受到用人单位的好评。