菏泽市戏剧院枣梆剧团的前身是冀鲁豫二专区民生剧社，始建于1947年11月。1950年移交平原省菏泽专署领导，改名为"菏泽专署人民剧社二组"。1959年，菏泽、济宁两专区重新分划后，定名为"菏泽专区枣梆剧团"。1960年，以专区枣梆剧团为主，吸纳郓城县文娱剧社、梁山县晨光四团两个枣梆专业团体的部分演职员，组成"菏泽地方戏曲院枣梆剧团"。2001年，菏泽市枣梆剧团归属市戏剧院，更名为菏泽市戏剧院枣梆剧团。

枣梆剧团曾多次参加国家、省、市戏曲汇演。1954年，传统剧目《徐龙铡子》、《狄青借衣》参加山东省第一届戏曲观摩演出大会，梁保兴获演员奖，赵凤来获奖状。1956年，传统剧目《无底洞》参加山东省第二届戏曲观摩演出大会，王圣乐获演员二等奖，李金英获演员三等奖。1964年，创作演出的大型现代戏《牡丹向阳开》，参加山东省地方戏曲革命现代戏观摩演出大会，并在济南南郊宾馆为贺龙、罗瑞卿、彭绍辉、刘亚楼、曾山等领导人演出。1986年，创作演出的古装戏《汉阳案》，参加山东省第三届戏剧演出月，获剧本奖、作曲奖、伴奏奖、字幕奖等。 1992年，在文化部举办的“天下第一团”优秀剧目展演中，创作演出的现代戏《生儿容易养子难》获剧目奖。1998年，创作演出的现代戏《走出大山》，在第六届山东文化艺术节中，荣获剧目二等奖。1999年，该剧目获第五届山东省“五个一”精品工程奖。2001年，创作排演的古装戏《包公卖官》，参加第七届山东文化艺术节，获剧目二等奖。同年，在菏泽市首届戏曲节演出的新编历史剧《生死牌》获演出一等奖。2004年，在菏泽市第二届戏曲节演出的新编历史剧《素兰告状》，获剧目一等奖。

菏泽市戏剧院枣梆剧团各个时期都涌现了许多在艺术上颇有造诣、在群众中颇有声望的优秀演员，如樊自瑞（红脸，艺名“大鸡”）、樊欣贤（红脸，艺名“樊三”）、王新鼎（黑脸，艺名“大金鸽”）、梅新贺（小生，艺名“小明”）、刘富贵（小生，艺名“如意”）、邢德稳（小生，艺名“连众”）、桂相连（旦，艺名“狗旦”）、于恒久（旦，艺名“五辈”）、梁保兴（黑脸）、赵凤来（红脸）、房灵鹤（红脸）、樊秀玲（旦）、周玉环（老旦）、张文英（小生）、张新让（丑）、黄广义（红脸）等。近年来，一批年轻的优秀演员又脱颖而出，成为剧团的主要演员和业务骨干，如王福俊、扈庆茹、刘长安等。