菏泽市人民检察院下辖牡丹区、曹县、单县、成武、巨野、郓城、鄄城、定陶、东明9个县（市、区）检察院和开发区院1个派出检察院，市院机关下设办公室、政治部、侦查监督处、公诉处、反贪污贿赂局、反渎职侵权局、监所检察处、民事行政监察处、控告申诉检察处、职务犯罪预防处、检察技术处、法律政策研究室、警务处、行政装备处、监察处、离退休干部处、机关党委等17个内设机构。目前，市院共有编制210个，实有162人。

近年来，该院全面落实最高人民检察院、省检察院的工作部署，立足菏泽实际，更新观念、求真务实、用心工作、艰苦奋斗，各项工作不断取得新成绩、实现新发展，为促进全市平安和谐建设、维护社会公平正义、服务经济社会科学发展作出了积极贡献，赢得了党委政府的一致肯定和社会各界的广泛好评。该院连续三年被市委市政府表彰为“平安菏泽建设先进单位”，连续四年被市委表彰为“思想政治工作先进单位”，先后被为“全市公正执法模范单位”、“市级文明单位”、“全省践行社会主义法治理念先进单位”、“省级卫生先进单位”。市院政治部、行装处先后被省院记集体二等功，市院离退休干部党支部继被省委组织部、省委老干部局表彰为“全省先进离退休干部党支部”、“全省离退休干部工作先进集体”。市院先后有两名检察人员当选“全省十佳公诉人”，一人当选“省级优秀公诉人”，两人被省检察院记个人一等功，一人被表彰为“全国检察机关信息化工作先进个人”，一人被表彰为“全国计财装备工作先进个人”。