金陵研究院位于南京东郊卫岗南京农业大学校内。南京农业大学是1952年院系调整时，由金陵大学农学院和南京大学农学院（原中央大学农学院）合并为南京农学院发展起来的。

金陵研究院是由海内外金大校友首先倡议，以后得到南京农业大学的积极支持，根据国家的教育方针政策，采取合作办学的形式建立起来的。1993年金陵大学资深校友马保之由台湾来大陆，分别在上海、南京、北京、广州等地会见校友，建议建立实体永久纪念母校。经过各地酝酿，1994年10月在南京召开了各地校友代表会议，在充分讨论的基础上，一致同意在南京农业大学建立金陵研究院，并成立筹备小组，由鲍世问、许复宁、陈佩结任正副组长。1995年3月成立金陵研究院筹备委员会，一致推选樊庆笙为主任委员（1999年由周伯瞷接任），并制订《金陵研究院筹建方案》，着手筹集资金和开展建院工作。1995年4月，农业部以农人发［１９９５］21号文件批复，同意在南京农业大学设立金陵研究院。1995年9月，经筹委会推荐，校长办公会议讨论同意，由南京农业大学校长翟虎渠兼任金陵研究院院长，由于翟虎渠校长调离南农大，2001年11月由现任校长郑小波教授兼任。1998年9月金陵研究院大楼落成，10月4日纪念金陵大学110周年时，举行了隆重的大楼落成和陈裕光校长铜像揭幕庆典大会，有400多位校友参加，人大常委会副委员长、金陵研究院筹委会名誉主任彭?云到会并讲话。

建院的宗旨是，通过办学联络海内外金大校友进行学术交流，科学研究，培养21世纪高级科技人才和架设国际合作交流的桥梁，使金陵为国育才的治学精神和优良传统世代永续，为科教兴国，特别是科教兴农，实现祖国的现代化作出应有的贡献。