南京工程学院体育部成立于2003年3月，由分管教学的副院长直接领导。体育部为处级单位，体育部行政管理机构为正、副主任各1名，直属党支部书记1名。书记负责体育部的党建工作，日常的教学、训练和管理工作由部主任直接管理；副主任协助主任工作。

体育部下设五个教研室、二个中心，分别为球类第一教研室、球类第二教研室、球类第三教研室、武体教研室、体质监测教研室、体质测试中心及健身中心，共同承担全校的体育教学、运动训练、体育科研、学生体质健康测试以及全校师生校内外竞赛的组织等各项工作。

多年来，体育部坚持党的教育方针，在《学校体育工作条例》和《全国普通高等学校体育课程教学指导纲要》相关文件的指导和学院党政领导的正确领导下，经过全体教职工不懈努力，学校体育工作取得了显著的成绩。