清军除八旗外，各省有绿营兵驻守，沿海各省还设水师营。绿营和水师营归将军指挥的称军标，归总督指挥的称督标，归巡抚指挥的称抚标。闽安镇自清代设闽安协，委任副将一名统一指挥防区内驻军。福建在清末并驻二支水师，即福建水师和船政轮船水师，前者由装备旧式武器的木质兵船组成，后者为船政自造的新式蒸汽机船，大部分为铁木混合结构的铁胁兵船。福建旧式水师设提督(舰队司令)1名，船政轮船水师司令官称轮船统领，起初由福建水师提督兼任船政轮船统领，后提督和统领分开委任。福建水师归闽浙总督指挥，而船政轮船水师则归船政大臣节制。

福建水师闽安协辖督标左、右两水师营，岸防区域从马尾罗星山城寨至闽安以及对面南岸(属长乐县)的石龙台寨、圆山水寨、琅岐岛一带，海上巡逻区域为闽江及福建和台湾(台湾当时属福建省区域)沿海一带。左、右两水师营共有官兵1500多名，每营有旧式兵船9艘。至辛亥革命前，福建督标水师营逐步被淘汰，为海军长门闽江要塞司令部所辖炮兵部队和船政轮船水师所代替。