喀什出入境检验检疫局成立于1999年11月，实行由新疆出入境检验检疫局直接领导的垂直管理体制。

喀什检验检疫局负责对所辖区域的动植物及其产品、进出口商品、外贸出口企业及其运输工具等实施检验检疫和监督管理；负责喀什航空口岸出入境旅客卫生检疫及口岸卫生监督工作；负责喀什、克州、和田三地州出口生产企业、果园、养禽场等的监管、登记备案工作及出入境人员健康体检等工作。下设的综合技术服务中心是南疆唯一的检验检疫事业单位，主要承担喀什、克州、和田三地州的出入境商品的法定检验检疫技术性工作和出入境人员健康体检工作，拥有一支精干的专业技术队伍及完善的检验检测硬件设施，中心下设综合实验室，国际旅行卫生保健中心，建有棉花检验室、动植物实验室、重金属检测室、生物PⅡ实验室、血清学实验室、艾滋病初筛实验室等，均按照ISO/IEC标准要求建立了质量体系，保健中心于2006年通过国家质检总局考核认证，综合实验室于2008年获得CNAS实验室能力认证，实现了检测结果国际通用，做到检得出、检得准、检得快。