九三学社成立于1945年9月3日，是以科学技术界高、中级知识分子为主的具有政治联盟特点的致力于社会主义事业的政党。九三学社北京分社（市委前身）于1951年4月8日成立，时有成员106人。

2007年6月15日，九三学社北京市第十一次代表大会选举产生九三学社北京市第十一届委员会。马大龙当选为主任委员（2007年12月12日当选为九三学社中央副主席），刘迎龙、侯义斌、周建军、王琳、方炎、常旭、孙君社当选为副主任委员，任命刘永泰为秘书长。

2008年7月，王琳被任命为九三学社北京市委常务副主任委员。2009年10月，孙君社因故不在担任副主任委员职务。2009年12月27日，九三学社北京市第十一届委员会第六次全体（扩大）会议上，增补陆杰华为社市委副主任委员。

截至2009年12月底，北京市有九三学社成员6875名，其中有高级技术职称的占成员总数的71.99%，女成员占47.16%。成员主要集中在科学技术界、高等教育界和医药卫生界，现有21位院士。

成员中有各级人大代表48人、政协委员200人，有78人次被聘为各级特约人员，有国务院参事4人。

多年来，九三学社北京市委在九三学社中央和中共北京市委的领导下，围绕北京市的经济社会发展，发挥自身优势认真建言献策、广泛开展社会服务，做出了积极的贡献。今后，要以科学发展观为指导，弘扬爱国、民主、科学精神，建设适应新时期要求的参政党，为中国多党合作事业的发展，为实施“人文北京、科技北京、绿色北京”发展战略和建设世界城市贡献力量。