吉林省文物考古研究所是隶属于吉林省文化厅，担负吉林省境内文物遗存考古学文化研究的科研单位，现有职工50人。目前，吉林省文物考古研究所占地面积3000平方米，办公房舍建筑面积1900平方米。

作为全面负责吉林省境内考古学文化研究的唯一科研单位，吉林省文物考古研究所始终把文物普查调查与保护管理，以及文物遗存的考古发掘、科学研究，利用文物开展社会教育作为自己的工作职责、科研基点。

由吉林省文物考古研究所组织编纂的吉林省47个市县的48部文物志于1988年全部出齐，使吉林省成为我国率先完成所辖市县均已编成文物志的省份。在市、县文物志基础上编写的《吉林省志·文物卷》1991年出版，该书于1993年9月，被中国地方志指导小组评选为“全国新编地方志优秀成果首次评选一等奖”。按国家文物局出版《中国文物地图集》的工作部署，1993年吉林省文物考古研究所出版了《中国文物地图集·吉林分册》，1995年12月，此书荣获吉林省社会科学优秀成果评审委员会“第三届社会科学优秀成果奖一等奖”。

目前，吉林省文物考古研究所有关高句丽、渤海考古已经完成了八部专著和两部译著，到目前为止已经出版了31期的《历史与考古信息·东北亚》，介绍翻译了大量日本、朝鲜、韩国、俄罗斯学者有关高句丽、渤海研究的著述。

吉林省文物考古研究所开展的科研工作所涉及的学术课题已经成为探索东北亚考古学文化总体格局的重要组成部分。通化市万发拨子遗址发掘被国家文物局田野考古奖评审委员会评为“1996—1998年度田野考古奖三等奖”这也是此次评奖中东北地区田野发掘获得的唯一奖项，同时入选1999年全国十大考古新发现。吉林省文物寄古研究所则于1985年为中华人民共和国文化部评为“全国文物博物馆系统先进集体”，1998年被中国人民共和国人事部国家文物局评为“全国文物博物馆系统先进集体”。