华中农业大学应用真菌研究所成立于1978年，由我国著名真菌学家杨新美教授创办，是教育部直属重点院校中最早成立、唯一的的应用真菌（食用菌、药用菌）专业研究机构。研究所下设遗传育种、细胞生物学、分子生物学、保鲜与贮藏加工、发酵工程等多个研究室和菌种实验中心、菌种保藏中心等机构，是农业部农业微生物生物产品质量检测监测中心(武汉)、湖北省食用菌研究所和湖北省食用菌协会的挂靠单位，于2007年由湖北省科学技术厅批准建立了“湖北省食用菌工程技术研究中心”。

研究所现任所长边银丙教授、博士生导师。

建所以来，研究所先后主持国家及省级各类食用菌科研项目30余项，其中获部省级科技进步二等奖4项，三等奖4项。2000年以来，又有一批产品加工、新品种选育和栽培新技术开发的科技成果通过鉴定或获得科技进步奖。自主选育的食用菌优良品种数量在全国名列前茅，优质菌种销往全国各地，开发的新型食用菌栽培模式等取得了显著的经济效益和社会效益。研究所在开展食用菌种质资源评价、遗传育种、栽培技术、病虫防治、保鲜加工和分子生物学等方面具备扎实的理论基础和雄厚的技术储备，在全国食用菌行业属领先水平。研究所现有博士生导师3名、教授4人、副教授4人，讲师3人、博士生和硕士生45名，工程技术人员6人，至1994年以来已为我国培养了毕业博士生5名、硕士生55名，为我国应用真菌事业的发展培育了一大批后备人才。近年来，该所不断加强与国内外食用菌高等院校、科研院所和企业的科技交流与合作，积极举办国内外学术会议，承办了2008年第四届“中国菌物学会学术研讨会”。