凤山国家地质公园博物馆位于中国第五大洞穴厅堂穿龙岩内，占地4200平方米，空间高度达100米，是我国目前利用天然洞穴建设的空间最大、钟乳石展品最多、格局最美、展示最奇特的地质博物馆，馆内设了图文灯箱展区、实物展区、科普演示及游客服务区、沙盘模型展区、凤山旅游商品及水景区共五个展区,在布展风格上把洞穴原生态和现代展览技术各种元素有机结合，突出色彩、灯光与洞穴的和谐;在布展内容上除原址遗留的地质遗存物，还收集了凤山国家地质公园其他景区以及全国各地的典型地质遗迹标本，是个典型的大型岩溶洞穴地质博物馆。