段昕，1998年毕业于山东省实验中学，被保送进入清华大学生物系学习。2002年夏天，他以全系第一名的成绩从清华大学生物系毕业，并荣获蒋南翔奖学金，清华大学优秀毕业生称号。随后赴约翰.霍普金斯大学医学院攻读神经生物学博士学位。2007年，他的博士毕业论文的一部分研究成果在生命科学和基础医学领域最居权威和影响力的《细胞》杂志上发表。2008年荣获约翰.霍普金斯大学医学院“年轻科学家奖”和国家优秀自费留学生奖学金。