指基因组中拷贝数目少，只有1个或几个的基因，大多数是属于生物体内组成型表达持家基因。单拷贝基因是分子系统学中的一种极有价值的分子标记，在构建生命树的主干及主干和末梢之间的分枝中将起极其重要的作用。