淳安县疾病预防控制中心隶属淳安县卫生局，于2000年10月10日经淳安县人民政府批准建立，其前身为“淳安县卫生防疫站”，成立于1956年5月1日。淳安县疾病预防控制中心是实施政府疾病预防控制与公共卫生技术管理和服务职能的公益事业单位，集疾病预防与控制、应急预警与处置、疫情收集与报告、监测检验与评价、健康教育与促进、应用研究与指导、技术管理与服务为一体，以预防和控制危险因素、疾病、伤害和失能，提高全人群健康水平和生命质量为工作目标。

中心下设综合办公室、传染病防制科、慢病监测科、检验科、门诊科。核定编制30人，现有职工32人，卫生技术人员28人，其中中高级卫生技术人员13人。中心实验室拥有原子吸收仪、气相色谱仪、原子荧光仪、微生物鉴定仪、电子分析天平、测汞仪、全自动酶标仪等一批先进的仪器设备。2002年12月取得由浙江省质量技术监督局颁发的计量认证合格证，2007年通过省质监局组织的扩项、转版、复评审。2003年通过艾滋病初筛实验室认可。