垂直发掘也叫纵向发掘，它是在地层或遗迹的某—局部范围内，向下发掘，挖掘的深度透过地层或遗迹。垂直发掘有三种情况，—是对地层的垂直发掘。如各探方主体同时向下发掘到生土，而隔梁及延伸到发掘区之外的地层仍然保存着。二是对单个遗迹的垂直发掘。如跨探方的灰坑或延伸到隔梁内的灰坑，其在探方主体部分内的部分，在清理完坑内堆积，画完图之后，便挖掉；灰坑的整体形状是在发掘完隔梁之后，拼图才能得到。若灰坑一部分延伸到发掘区之外，则该部分不发掘，对遗迹的解剖也是垂直发掘。三是对一组遗迹的垂直发掘。多层遗址的每一层面上的同时代的遗迹群是一个有机整休，发掘完一批探方，就把其中的一部分挖掘掉了，这也是一种垂直发掘。