STMS(Sequence-tagged microsatellites)：通常又称为SSR，也可称为SSRP(Simple Sequence Repeat Polymorphisms)

基本原理和特点：

引物根据与微卫星重复序列两翼的特定短序列设计，用来扩增重复序列本身。由于重复的长度变化极大，所以这是检测多态性的一种有效方法。其特点包括：一般检测到的是一个单一的多等位基因位点；共显性遗传，故可鉴别杂合子和纯合子；得到的结果重复性很高。为了提高分辨力，通常使用聚丙烯酰胺凝胶电泳，它可检测出单拷贝差异。也可以在同一个反应试管中把PCR反应与不同的STMS引物结合起来（称为multiplexing），这可节省时间，但是，这只能在不同引物的产物在大小上不重叠的情况下才能使用。很显然，使用STMS技术的前提是需要知道重复序列两翼的DNA序列的信息，这一方面可以在其它种的DNA数据库中查询，否则就必须先建立含有微卫星的基因组文库，再从中筛选可用的克隆，进行测序，然后设计合适的引物。

STMS的发展和相近的分子标记种类：

1. 把与SSR互补的寡核苷酸作为多位点RFLP技术中的探针

2. 把与SSR互补的寡核苷酸作为PCR引物（可单独作引物或与随机引物配合使用），扩增的是基因组DNA的特定片段：即MP-PCR和RAMPs

3. 用标记的SSR探针与RAPD扩增片段杂交：即RAMPO或称为RAHM或RAMS

4. 用5′或3′端加锚的SSR作引物：即ISSR。