市售酚中含有醌等氧化物,这些产物可引起磷酸二酯键的断裂及导致RNA和DNA的交联,应在160℃用冷凝管进行重蒸。重蒸酚加入0.1%的8-羟基喹啉(作为抗氧化剂),并用等体积的0.5mol/L Tris·Cl (pH8.0)和0.1mol/L Tris·Cl(pH8.0)缓冲液反复抽提使之饱和并使其pH值达到7.6以上,因为酸性条件下DNA会分配于有机相。

用于RNA提取时，则要制备酸性酚，也就是水饱和酚，因为在酸性条件下，RNA被分配于水相，而DNA在有机项，从而达到分离获得RNA的目的。因此，饱和酚在核酸纯化中有2种，一种为Tris饱和酚（pH7.8左右），故也称为碱性酚。另一种就是酸性酚，也就是水饱和酚。pH值不同，应用不同，切不可弄混，以免造成实验失败.