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16SrDNA定义

为什么选用16SrDNA进行细菌鉴定？

鉴定步骤

应用：

不足：

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16SrDNA鉴定是指用利用细菌16SrDNA序列测序的方法对细菌进行种属鉴定。包括细菌基因组DNA提取、16SrDNA特异引物PCR扩增、扩增产物纯化、DNA测序、序列比对等步骤。是一种快速获得细菌种属信息的方法。

英文名称：16S ribosomal DNA identification

应用：细菌种属鉴定

16SrDNA定义

细菌rRNA（核糖体RNA）按沉降系数分为3种，分别为5S、16S和23S rRNA。16S rDNA是细菌染色体上编码16S rRNA相对应的DNA序列，存在于所有细菌染色体基因中。

为什么选用16SrDNA进行细菌鉴定？

16S rDNA是细菌的系统分类研究中最有用的和最常用的分子钟，其种类少，含量大（约占细菌RNA含量的80％），分子大小适中，存在于所有的生物中，其进化具有良好的时钟性质，在结构与功能上具有高度的保守性，素有“细菌化石”之称。在大多数原核生物中rDNA都具有多个拷贝，5S、16S、23S rDNA的拷贝数相同。16S rDNA由于大小适中，约1.5Kb左右，既能体现不同菌属之间的差异，又能利用测序技术较容易地得到其序列，故被细菌学家和分类学家接受。

1、16S rRNA 普遍存在于原核生物中。rRNA 参与生物蛋白质的合成过程，其功能是任何生物都必不可少的，而且在生物进化的漫长历程中保持不变，可看作为生物演变的时间钟。

2、在 16S rRNA 分子中，既含有高度保守的序列区域，又有中度保守和高度变化的序列区域，因而它适用于进化距离不同的各类生物亲缘关系的研究。

3、16S rRNA 的相对分子量大小适中，约1 540 个核苷酸，便于序列分析。

4、可变区序列因细菌不同而异，恒定区序列基本保守，所以可利用恒定区序列设计引物，将16S rDNA片段扩增出来，利用可变区序列的差异来对不同菌属、菌种的细菌进行分类鉴定。

鉴定步骤

1、细菌基因组提取

2、特异引物扩增16SrDNA序列

3、纯化PCR产物

4、DNA测序获得16SrDNA序列

5、与数据库中已知细菌比较获得样品种属信息

6、选取近似菌种序列，构建系统发育树

应用：

1、对未知样品进行快速种属分析

2、为生化鉴定提供指导信息

3、对于难以获得纯培养的细菌，如寄生菌等，使用16SrDNA鉴定是唯一可用的鉴定手段。

不足：

1、有的菌种由于种间差异小，单独依靠16SrDNA鉴定不能鉴定到种。需要其它鉴定方法补充。

2、16SrDNA鉴定是基于PCR的鉴定方法，与其它PCR鉴定方法一样存在容易污染，获得假阳性结果，应注意做好阴性对照。