根据《国家税务总局关于被盗、丢失增值税专用发票的处理意见的通知》（国税函发1995292号）规定：纳税人必须严格按《增值税专用发票使用规定》保管使用专用发票，对违反规定发生被盗、丢失专用发票的纳税人，主管税务机关必须严格按《中华人民共和国税收征收管理法》和《中华人民共和国发票管理办法》的规定，处以一万元以下的罚款，并可视具体情况，对丢失专用发票的纳税人，在一定期限内（最长不超过半年）停止领购专用发票。对纳税人申报遗失的专用发票，如发现非法代开、虚开问题的，该纳税人应承担偷税、骗税的连带责任。

增值税发票丢失的另类处理方式

空白未填开发票的处理方法

已经填开发票的处理方法

增值税发票丢失的另类处理方式

1.需抛开税务机关繁琐的程序或想要避免罚款的单位。

2.空白增值税发票丢失被盗需避免登报处罚的单位。

3.增值税发票遗失且超过90天未认证的单位。

4.因保管不当等其他原因将增值税发票遗失的单位。

5.销货单位以任何理由拒绝出具“增值税一般纳税人丢失防伪税控系统开具增值税专用发票已抄报税证明单”给购货单位。

6.销货单位已经出具丢失发票的存根联复印件及销货方主管税务机关出具的“增值税一般纳税人丢失防伪税控系统开具增值税专用发票已抄报税证明单”，但由于各种原因购货单位主管税务机关不给予审核批准。

空白未填开发票的处理方法

企业由于保管不善或其他原因丢失或被盗空白发票的，应立即向主管税务机关书面报告，并附有关部门证明材料到主管税务机关发票管理部门申报办理有关手续。具体办法是：

一、企业向主管税务机关征管服务大厅发票管理窗口提交书面报告以及公安等部门的证明材料，报告主管税务机关，还要须在《办税园地》等税务报刊杂志上登报声明作废。

二、主管税务机关检查核实处理。对丢失、损(撕)毁发票及虚报丢失发票，隐瞒案情，不主动报告等违章行为，处以1万元以下的罚款，造成其他后果的，还应按照有关法律、法规严肃处理。

已经填开发票的处理方法

各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局、地方税务局：

为解决增值税一般纳税人（以下简称一般纳税人）丢失增值税专用发票产生的涉税问题，现将一般纳税人丢失增值税防伪税控系统开具的增值税专用发票的有关税务处理问题明确如下：

一、一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票，如果该发票丢失前已通过防伪税控认证系统的认证，购货单位可凭销货单位出具的丢失发票的存根联复印件及销货方所在地主管税务机关出具的“增值税一般纳税人丢失防伪税控开具增值税专用发票已抄报税证明单”（样式附后），经购货单位主管税务机关审核批准后，作为增值税进项税额抵扣的合法凭证抵扣进项税额。一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票，如果该发票丢失前未通过防伪税控认证系统的认证，购货单位应凭销货单位出具的丢失发票的存根联复印件到主管税务机关进行认证，认证通过后可凭该发票复印件及销货方所在地主管税务机关出具的“增值税一般纳税人丢失防伪税控开具增值税专用发票已抄报税证明单”，经购货单位主管税务机关审核批准后，作为增值税进项税额抵扣的合法凭证抵扣进项税额。

二、一般纳税人发生丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票情况，必须及时向所在地主管税务机关报告，税务机关应对其报告的丢失发票是否已申报抵扣进行检查，对纳税人弄虚作假的行为，按照有关的法律法规进行处理。

三、本通知自2001年7月1月起执行。原《国家税务总局关于加强增值税征收管理工作的通知》（国税发[1995]015号）第三条第二项的有关规定同时废止。