应用藻类生物技术是指在藻类学研究基础上，有目的地进行定向改造藻类生物体系的技术，广泛用于生产保健食品、药物、饲料、改善水环境等方面，对促进藻类养殖、增进人类健康和保护水环境发挥着越来越重要的作用。微藻和大型海藻养殖与栽培、药物与饲料开发，属亚太地区藻类生物技术的强项，以色列所进行的螺旋藻养殖和光生物反应器的设计与应用，中国海带及大型海藻栽培及药物开发，都具有世界先进水平。

中国大型海藻生物技术在曾呈奎院士等老一辈科学家带领下，取得了辉煌成绩。目前中国是世界产量最大、药物开发水平较高的海藻生产国，仅海带年产量约占世界海藻总产量的一半。由于海带栽培业的成功，支撑了海带化工产业的发展，生产了碘、甘露醇和褐藻胶等化工产品，时下正在研制开发高附加值精细化工产品。中国海洋大学研制了PSS（藻酸双酯钠）、中国科学院海洋研究所研制了FPS，分别是治疗心脑血管疾病和肾衰的有效药物，创造和正在创造较好的社会与经济效益。

经过藻类学家的努力，中国近年来的微藻养殖和生物反应器技术已缩小了与世界先进国家的差距，特别在消除有害藻类水华、利用藻类治沙以及建立空间生命支持系统方面的进展更加可喜，利用藻类生产氢气和洁净能源的工作也有了长足进展。