武汉大学长江发展研究院成立于2001年2月，由国务院发展研究中心，武汉市政府、武汉大学发起、当代集团参与并共同组建。国务院发展研究中心主任王梦奎担任首任院长。

众所周知，长江是中国的第一大河流，是中华文明的发祥地之一，长江经济带是推动中国经济走进21世纪的主驱动轴之一，长江流域的可持续发展直接关系到中国东、中、西的协调发展和整个国家的可持续发展。但是，现有的长江科研机构存在着学科分割、行政分割、流域分割，缺乏综合协调的研究机构。因此，与会的专家认为，长江发展研究院的成立标志着我国第一家跨全长江流域的系统、权威的科研机构诞生，标志着长江流域各项研究正式朝科学化、集约化、正规化方向发展。它立足于发挥各方优势，通过开展高层次的科学研究、培训活动和国际合作，为长江流域乃至全国的改革和可持续发展提供建设性、高质量、可操作的研究报告、方案设计及决策咨询。培训相关人员，力求把研究院办成中国一流的科研中心、咨询中心、信息中心

和培训中心，从而更好地为长江流域的开放开发和经济建设服务。

长江发展研究院按产学研一体化模式办院。研究院设立长江发展研究基金。实行开放式办院、开放承接科研课题，在国内外聘用客座研究人员，目前该院的科研力量以国务院发展研究中心、武汉大学投入为主；武汉大学决定将该校软科学研究中心、区域发展研究院和长江可持续发展研究中心的科研机构整体投入，使之成为长江发展研究院可依托的科研力量。 长江发展研究院近期将致力于数字化长江、长江中上游与中部的发展、南水北调、长江三角洲率先实现现代化、长江沿江省市十五规划咨询等重大问题进行系列科学研究，并与长航集团合作筹建“长江在线”网站。