民国二十四年（1935）设万县专区。 专署驻万县市。

1950年仍设万县专区，属川东行署区。万县专署仍驻万县市，辖万县（驻沙河镇）、开县、城口（驻复兴镇）、巫溪、云阳、奉节、巫山、忠县等8县。

1952年万县专区属四川省领导。原由川东行署直辖的万县市划归万县专署领导。辖1市、8县。

1953年万县市改为省辖市，委托万县专署代管。原大竹专区所属梁平县划入万县专区。辖1市、9县。

1970年万县专区改称万县地区，地区驻万县市。辖万县市及万县（驻沙河镇）、开县、城口（驻复兴镇）、巫溪、巫山、奉节、云阳、忠县、梁平等9县。

1992年12月11日，国务院批准，撤销万县地区、万县市、万县，设立万县市（地级），辖原万县地区的开县、忠县、梁平、云阳、奉节、巫山、巫溪、城口8个县，全市幅员面积为29485平方公里。万县市新设立3个市辖区：龙宝区、天城区、五桥区。万县市人民政府驻龙宝区的高笋塘。

1997年12月20日，撤销万县市及其所辖的龙宝区、天城区、五桥区，设立重庆市万县移民开发区和重庆市万县区，龙宝区、天城区、五桥区改为龙宝管理委员会、天城管理委员会、五桥管理委员会。万县区辖龙宝、天城、五桥三个管理委员会。万县移民开发区受重庆市委、市政府的委托，代管开县、忠县、云阳县、奉节县、巫山县、巫溪县。

1998年5月22日万县区更名为万州区，万县移民开发区更名为万州移民开发区。万州区辖龙宝管委会、五桥管委会、天城管委会。

2000年6月25日，撤销重庆市万州移民开发区，原万州移民开发区代管的奉节县、开县、云阳县、忠县、巫溪县和巫山县由重庆市直辖。龙宝管委会、五桥管委会、天城管委会更名为龙宝移民开发区、五桥移民开发区、天城移民开发区，由万州区管辖。

2005年4月，重庆市委、市政府决定撤销龙宝、天城、五桥移民开发区，由万州区直接管理镇乡、街道，辖１４个乡、２８个镇、１１个街道办事处。至今未变。