2000年11月，台湾地区的领导人陈水扁委托证券交易所林钟雄筹设。2001年12月30日成立， 基金规模为6000万元新台币。由台湾证券交易所董事长林钟雄与“国安咨询委员”林佳龙等筹组。资金捐赠者主要包括华侨银行董事长林明成、大安银行董事长高志尚、金宝电子公司董事长许胜雄、富邦产险公司董事长蔡明忠、日盛证券董事长陈国和、土地银行董事长魏启林、国泰金控董事长蔡宏图、三商行董事长陈河东、大陆工程公司总经理殷琪、台湾工业银行总经理络锦明、奇美实业董事长许文龙等。其中以许文龙捐助为主。目前董事长为陈博志。

重要智库

这是陈水扁的重要智库。以政策取向、推动策略及强化沟通对话为三大工作目标。职能主要是就亚太事务与“国家”安全、WTO的因应对策、大陆（两岸关系的双轨机制）、“国家”改革（政府改造、“国会”改造与“宪政”改革）、农业、科技、财经与社会发展等8大议题向政府提出建言。未来进一步增设文化、“国土”规划、经济与“国防”等论坛。

财金论坛：由台湾经济研究院院长吴荣义任集人，为智库成立最早的论坛，曾扮演“经发会”期间的后勤角色，曾就针对筹设境外资本市场的可行性、放宽两岸金融业务往来的利弊与配套措施、问题金融的处置方案等提出对策。

科技论坛：召集人是新竹科学园区管理局局长李界木，2001年3月成立，讨论了台湾科技产业的利基与发展环境、与“行政院”科技顾问组合作，积极规划引进印度高科技人才及台印企业技术交流计划；研拟“我国科技产业全球布局的国际竞争战略”。

农业论坛：召集人是台湾大学教授吴明敏。针对台湾加入WTO后对农业的冲击提出具体因应对策，接受“农委会”委托的“台湾农业问题和对策座谈”专题计划，2002年初发表“农业政策建言”。

政府改革论坛：召集人为“劳委会“顾问刘进兴。针对就业问题与退休生活两大主题进行研究，具体包括失业保险、退休金条例改革、劳动体制的转型与改革问题。

大陆论坛：召集人为中华经济研究院研究员范锦明（暂由张佩珍代理），已举行十多次论坛，与大陆台商进行交流，并对大陆政治与经济问题进行研究。

亚太论坛：召集人为“国安会咨询委员”高英茂。以美、日、台关系的强及及中国周边战略环境的分析为主轴，不定期与美、日、俄等国智库举办圆桌会谈。研拟有关台、日、美的战略合作以及对台美关系的检讨。

WTO论坛：召集人淡江大学教授郭建中。建议政府成立一个高层次统筹WTO事务的专责机构和机制，并结合民间力量，成立一个法律咨询中心，协调政府与企业因应种种贸易纠纷，与两岸入会后的可能诉诸争端的仲裁机制。