水体粪便污染指示菌是指能够指示水体已有粪便污染，并可能伴存有肠道病原菌的一类细菌。主要有大肠菌群细菌、粪链球菌和产气荚膜梭菌。其它可用铜绿假单胞菌（绿脓杆菌）及金黄色葡萄球菌作为一定水体（如游泳池水等）水植污染的指示菌。也是人主张用大肠杆菌噬菌体作为水肿肠道病毒的指示微生物。