山东大学儒学高等研究院成立于2010年4月，2012年1月原儒学高等研究院、儒学研究中心、文史哲研究院和《文史哲》编辑部进行整合，组建新的山东大学儒学高等研究院。新的儒学高等研究院不仅是一个独立的科研实体，更是一个开放性的公共科研平台。
山东大学儒学高等研究院为山东省人民政府与山东大学合作共建。旨在适应经济全球化、文化多样化的时代需要，发掘传统文化的当代价值，建设中华民族共有的精神家园，承担高等院校人才培养、科学研究、文化融合的历史使命，发挥山东大学地处齐鲁之邦、孔子故乡、儒学发源地的区域优势，实现“山大特色、中国一流、世界水平”的办学目标。
山东大学儒学高等研究院成立后，将力争在尽可能短的时间内建设成为国内一流、国际上具有重要影响力的儒学乃至中国古代文化的学术研究、人才培养、文献整理、信息交流、社会服务的学术重镇。作为山东大学的“学术特区”，儒学高等研究院下设儒学原理与方法研究所、儒学历史与文献研究所、儒学应用与传播研究所和《儒林》丛刊编辑部，将以研究课题为中心，整合校内外人文学科资源，形成创新团队，对儒学展开深层次、前瞻性及应用性研究。
除专职研究人员之外，儒学高等研究院将延聘国内外学者作为兼职研究人员以承担研究课题或进行研究生培养工作。儒学高等研究院还将积极拓展与国内外其他社会团体建立各种形式的合作关系，以共同推动儒学的研究、普及与传播。