相传清皇族远祖有兄弟六人居此，满语“六个”为“宁古塔”，故称其地为宁古塔贝勒，简称宁古塔。有新旧二城：旧城在今海林市旧街。据《盛京通志》第三十一卷载：“宁古塔旧城，在海兰河（今海浪河）南岸有石城（内城），高丈余，周一里，东西各一门。”经实测内城（即石城）为正方形，边长171米，周长684米，外城边墙周围2．5公里，四面各一门。康熙五年（1666年）迁建新城，即今宁安市区，称宁古塔新城。清初宁古塔为设置在盛京（今沈阳）以北管辖黑龙江、乌苏里江广大地区的军事、政治和经济中心。

“流放宁古塔，与披甲人为奴”

1658年（顺治十五年）6月14日 清廷规定挟仇诬告者流放宁古塔。黑龙江省宁安县，清代被称为“宁古塔”的所在地，是著名的流放地,宁古塔辖界在顺治年间十分广大，盛京以北、以东皆归其统。随着设厅，疆土逐渐减少。从顺治年间开始，宁古塔成了清廷流放人员的接收地。黑龙江省东部的海林县，是三百多年前清廷流放人犯的宁古塔所在地。被遣戍宁古塔的流人，能生还的极少，大部分都客死该地。

清代,不少因文字流放宁古塔的文人学子,他们当中有抗清名将郑成功之父郑芝龙,文人金圣叹家属,著名诗人吴兆骞,思想家吕留良家属等等.吴兆骞因科场案流放宁古塔二十三年.余秋雨"流放者的土地"一文中,有一段文字:当时的宁古塔,几乎不是人间的世界,流放者去了,往往半道上被虎狼恶兽吃掉,甚至被饿昏了的当地人分而食之,能活下来的不多.如此残忍之行,恐怖之地,想来也只有流放的文人强颜为诗,以打发寂廖困苦的日子.流人给宁古塔注入了新鲜的血液,使这片土地有了艰难的丰富.